§ 136² lg 2: Keskkonnaloa muutmise taotluse läbivaatamise eest tasutakse riigilõivu 50 protsenti käesoleva paragrahvi lõikes 1 sätestatud riigilõivumäärast. Olemasoleva keskkonnaloa muutmise taotluses on täidetud sama keskkonnaloa eriosa tabel, mis on täidetud kinnitatud loal, siis rakendub 50% vähendatud riigilõiv olemasoleva loa muutmise eest.

Rakendub sellisel juhul, kui muudetav keskkonnaluba on seotud AINULT ühe valdkonnaga. Näide seletuskirjast: „Kui taotletakse vaid ühe keskkonnaloaga reguleeritud tegevuse muutmist ehk näiteks vaid reoveesette komposteerimise loa tingimuste muutmist, on riigilõiv 520 x 0,5 = 260 eurot.“

§ 136² lg 3: Kui keskkonnaloa muutmisel taotletakse käesoleva paragrahvi lõikes 1 nimetatud tegevuse lisamist keskkonnaloale, tasutakse riigilõivu käesoleva paragrahvi lõikes 1 sätestatud riigilõivumääras ja ei rakendu käesoleva paragrahvi lõige 2. 

Selgitus: Olemasoleva keskkonnaloa muutmise taotluses on täidetud eriosa tabel, mida kinnitatud loal ei ole, siis rakendub lisanduva valdkonna riigilõiv muudatuste menetlemise eest. Kui olemasoleva loa muutmise taotluses on täidetud sama keskkonnaloa eriosa tabelid, mis on täidetud kinnitatud loal ning lisatakse uus valdkond, siis rakendub mitme valdkonna riigilõivu tasumise kohustus, millest tasutav riigilõiv on 80% valdkondade summast ning rakendub 50% vähendatud riigilõiv osa muutmise eest. Näiteks: soovitakse muuta olemasolevat vee erikasutuse osa ning lisada juurde täiesti uus jäätmeosa, sellisel juhul rakendub järgnev arvutuskäik: (260 + 520) x 0,8 = 624 eurot. 

§ 136² lg 4: Riigiasutus, kohaliku omavalitsuse üksus, avalik-õiguslik juriidiline isik, mittetulundusühing ja raamatupidamise seaduse § 3 punktis 14 nimetatud mikroettevõtja tasub keskkonnaloa andmise või muutmise taotluse läbivaatamise eest riigilõivu 50 protsenti käesoleva paragrahvi lõikes 1 sätestatud või lõike 2 alusel arvutatud riigilõivumäärast. Ühe valdkonnaga keskkonnaloa andmisel rakenduks näiteks vee erikasutuse puhul 520 x 0,5= 260 eurot ning muutmise puhul sama tegevusvaldkonna puhul 260 x 0,5 = 130 eurot. Kui mitme tegevusvaldkonnaga loa andmine (vesi + jäätmed), siis ((520 + 520) x 0,5) x 0,8 = 416 eurot ja muutmise korral (((520 + 520) x 0,5) x 0,5) x 0,8 = 208 eurot.

§ 136² lg 5: Raamatupidamise seaduse § 3 punktis 17 nimetatud suurettevõtja tasub keskkonnaloa andmise või muutmise taotluse läbivaatamise eest riigilõivu 125 protsenti käesoleva paragrahvi lõikes 1 sätestatud või lõike 2 alusel arvutatud riigilõivumäärast. Ühe valdkonnaga keskkonnaloa andmisel rakenduks näiteks vee erikasutuse puhul 520 x 1,25 = 650 eurot ning muutmise puhul sama tegevusvaldkonna puhul (520 x 0,5) x 1,25 = 325 eurot. Kui mitme tegevusvaldkonnaga loa andmine (vesi + jäätmed), siis ((520 + 520) x 1,25) x 0,8 = 1040 eurot ja muutmise korral (((520 + 520) x 1,25) x 0,5) x 0,8 = 520 eurot.

§ 136² lg 6: Kui keskkonnaloa andmise või muutmise taotlus hõlmab vähemalt kahte käesoleva paragrahvi lõikes 1 nimetatud tegevust, tasutakse riigilõivu 80 protsenti käesoleva paragrahvi lõikes 1 nimetatud tegevuste riigilõivumäärade summast, arvestades käesoleva paragrahvi lõigetes 2–5 sätestatut. Kui keskkonnaloa taotluses on täidetud mitu taotluse eriosa tabelit, siis rakendub mitme valdkonna riigilõivu tasumise kohustus (valdkondade riigilõivud summeeritakse) ning riigilõiv on 80% valitud valdkondade summast.

Näide seletuskirjast: „Veepuhastusjaam, kus komposteeritakse ka reoveesetet (tegevuseks vee erikasutus ja jäätmete käitlemine), taotleb keskkonnaloa tingimuste muutmist nii vee erikasutuseks kui ka jäätmete käitlemiseks. Sellisel näitel kohaldub eelnõukohase seadusega muudetava riigilõivuseaduse § 136'2 lõikes 2 sätestatud 50 protsendine lõivumäära vähendamine ning § 136'2 lõikes 6 sätestatud mitme keskkonnaloa kohustusega tegevuse taotluse 80 protsendine vähendamine. Riigilõivu tasumise kohustus on seega ((520 + 520) x 0,5) x 0,8 = 416 eurot.“

Riigilõivu määramise näited mitme valdkonnaga keskkonnalubade muutmise ja andmise puhul:

§ 136²  lg 2: Keskkonnaloa muutmise taotluse läbivaatamise eest tasutakse riigilõivu 50 protsenti käesoleva paragrahvi lõikes 1 sätestatud riigilõivumäärast. Olemasoleva keskkonnaloa muutmise taotluses on täidetud sama keskkonnaloa eriosa tabel, mis on täidetud kinnitatud loal, siis rakendub 50% vähendatud riigilõiv olemasoleva loa muutmise eest.
Rakendub sellisel juhul, kui muudetav keskkonnaluba on seotud AINULT ühe valdkonnaga. Näide seletuskirjast: „Kui taotletakse vaid ühe keskkonnaloaga reguleeritud tegevuse muutmist ehk näiteks vaid reoveesette komposteerimise loa tingimuste muutmist, on riigilõiv 1990 x 0,5 = 995 eurot.“

§ 136²  lg 3: Kui keskkonnaloa muutmisel taotletakse käesoleva paragrahvi lõikes 1 nimetatud tegevuse lisamist keskkonnaloale, tasutakse riigilõivu käesoleva paragrahvi lõikes 1 sätestatud riigilõivumääras ja ei rakendu käesoleva paragrahvi lõige 2. Selgitus: Olemasoleva keskkonnaloa muutmise taotluses on täidetud eriosa tabel, mida kinnitatud loal ei ole, siis rakendub lisanduva valdkonna riigilõiv muudatuste menetlemise eest. Kui olemasoleva loa muutmise taotluses on täidetud sama keskkonnaloa eriosa tabelid, mis on täidetud kinnitatud loal ning lisatakse uus valdkond, siis rakendub mitme valdkonna riigilõivu tasumise kohustus, millest tasutav riigilõiv on 80% valdkondade summast ning rakendub 50% vähendatud riigilõiv osa muutmise eest. Näiteks: soovitakse muuta olemasolevat vee erikasutuse osa ning lisada juurde täiesti uus jäätmeosa, sellisel juhul rakendub järgnev arvutuskäik: ((1990 x 0,5) + 1990) x 0,8 = 2388 eurot. 

§ 136²  lg 4: Riigiasutus, kohaliku omavalitsuse üksus, avalik-õiguslik juriidiline isik, mittetulundusühing ja raamatupidamise seaduse § 3 punktis 14 nimetatud mikroettevõtja tasub keskkonnaloa andmise või muutmise taotluse läbivaatamise eest riigilõivu 50 protsenti käesoleva paragrahvi lõigetes 1 ja 1¹ sätestatud või lõike 2 alusel arvutatud riigilõivumäärast. Ühe valdkonnaga keskkonnaloa andmisel rakenduks näiteks vee erikasutuse puhul 1990 x 0,5= 995 eurot ning muutmise puhul sama tegevusvaldkonna puhul 1990 x 0,5 x 0,5 = 497,50 eurot. Kui mitme tegevusvaldkonnaga loa andmine (vesi + jäätmed), siis ((1990+ 1990) x 0,5) x 0,8 = 1592 eurot ja muutmise korral (((1990 + 1990) x 0,5) x 0,5) x 0,8 = 796 eurot.

§ 136²  lg 5: Raamatupidamise seaduse § 3 punktis 17 nimetatud suurettevõtja tasub keskkonnaloa andmise või muutmise taotluse läbivaatamise eest riigilõivu 125 protsenti käesoleva paragrahvi lõikes 1 sätestatud või lõike 2 alusel arvutatud riigilõivumäärast. Ühe valdkonnaga keskkonnaloa andmisel rakenduks näiteks vee erikasutuse puhul 1990 x 1,25 = 2487,50 eurot ning muutmise puhul sama tegevusvaldkonna puhul (1990 x 0,5) x 1,25 = 1243,75 eurot. Kui mitme tegevusvaldkonnaga loa andmine (vesi + jäätmed), siis ((1990 + 1990) x 1,25) x 0,8 = 3980 eurot ja muutmise korral (((1990 + 1990) x 1,25) x 0,5) x 0,8 = 1990 eurot.

§ 136²  lg 6: Kui keskkonnaloa andmise või muutmise taotlus hõlmab vähemalt kahte käesoleva paragrahvi lõikes 1 nimetatud tegevust, tasutakse riigilõivu 80 protsenti käesoleva paragrahvi lõikes 1 nimetatud tegevuste riigilõivumäärade summast, arvestades käesoleva paragrahvi lõigetes 2–5 sätestatut. Kui keskkonnaloa taotluses on täidetud mitu taotluse eriosa tabelit, siis rakendub mitme valdkonna riigilõivu tasumise kohustus (valdkondade riigilõivud summeeritakse) ning riigilõiv on 80% valitud valdkondade summast. Muutmise korral väheneb riigilõivu summa 50%.

Näide: „Veepuhastusjaam, kus komposteeritakse ka reoveesetet (tegevuseks vee erikasutus ja jäätmete käitlemine), taotleb keskkonnaluba vee erikasutuseks kui ka jäätmete käitlemiseks, tuleb taotluse läbi vaatamise eest tasuda riigilõivu (1990+1990) x 0,8 = 3184 eurot. Kui ettevõte soovib selleks tegevuseks varem antud luba muuta ja muutuvad nii vee-erikasutusega kui jäätmekäitlusega seotud tegevused, rakenduvad nii muutmisega kaasnev 50 protsendine lõivumäära vähendamine kui ka mitme keskkonnaloa kohustusega tegevuse taotluse 20 (kordaja 0,8) protsendine vähendamine. Riigilõivu tasumise kohustus on seega ((1990 + 1990) x 0,5) x 0,8 = 1592 eurot.“

Riigilõivu määramise näited komplekslubade muutmise ja andmise puhul:

Riigilõivu ei küsita jäätmete eriosa eest, kui tegemist on jäätmete tekitajaga (st mitte jäätmekäitlejaga).

§ 124 lg 1: Kompleksloa taotluse läbivaatamise eest tasutakse riigilõivu lähtuvalt taotletavast tegevusest ja sellest, mitme valdkonna andmed loale kantakse. Juhul kui kompleksluba taotletakse tööstusheite seaduse ja veel ühe valdkonna (vesi, välisõhk või jäätmed) peale ja tegemist EI OLE farmiga, tuleb tasuda riigilõivu kõigi taotletavate valdkondade eest. Näiteks kui taotletakse kompleksluba, kus lisaks tööstusheite eriosale on vaja täita ka välisõhu eriosa, rakendub riigilõiv 4930 + 4930 = 9860 €. Juhul kui taotlus hõlmab vähemalt kolme valdkonda (tööstusheidet ja veel vähemalt kahte valdkonda), rakendub riigilõivule koefitsient (vt § 124 lg 5 näidet).

§ 124 lg 2: Kui kompleksluba taotletakse sea-, veise- või linnukasvatuseks, tasutakse kompleksloa taotluse läbivaatamise eest riigilõivu 50 protsenti käesoleva paragrahvi lõikes 1 sätestatud riigilõivumäärast. See tähendab, et farmidel tuleb riigilõivu tasuda kõigi taotletavate valdkondade eest, kuid rakendatakse koefitsienti 0,5. Näiteks kui taotlus esitatakse farmile, kus põhjavee võttu ega heitvee juhtimist keskkonda ei toimu, ei käidelda jäätmeid, kuid õhuheite tõttu on vaja täita välisõhu eriosa, tuleb tasuda riigilõivu (4930+4930) x 0,5 = 4930 €. Juhul kui taotlus hõlmab vähemalt kolme valdkonda (tööstusheidet ja veel vähemalt kahte valdkonda), rakendub riigilõivule veel üks koefitsient (vt § 124 lg 5 näidet).

§ 124 lg 3: Kompleksloa muutmise taotluse läbivaatamise eest tasutakse riigilõivu 50 protsenti täismäärast. Näiteks kui muutmistaotlusel on täidetud tööstusheite ja üks valdkondlik eriosa ning tegemist EI OLE farmiga, tuleb kompleksloa muutmise taotlemisel tasuda riigilõivu (4930 + 4930) x 0,5 = 4930 €. Juhul kui muutmistaotlusel on täidetud tööstusheite ja üks valdkondlik eriosa ning tegemist ON farmiga, tuleb kompleksloa muutmise taotlemisel tasuda riigilõivu (4930 + 4930) x 0,5 x 0,5 = 2465 €. Juhul kui taotlus hõlmab vähemalt kolme valdkonda (tööstusheidet ja veel vähemalt kahte valdkonda), rakendub riigilõivule veel üks koefitsient (vt § 124 lg 5 näidet).

§ 124 lg 4: Kui kompleksloa muutmise korral taotletakse lõikes 1 nimetatud uue valdkonna lisamist kompleksloale, tasutakse riigilõivu lõikes 1 sätestatud riigilõivumääras ja lõiget 3 ei rakendata. See tähendab, kui kompleksloa muutmisel taotletakse juurde uut valdkonda, siis selle valdkonna eest peab tasuma riigilõivu täismahus ehk 4930 €, kuid juba olemasolevate valdkondade muutmisele rakendub koefitsient 0,5. Näiteks taotletakse kompleksloa muutmist tööstusheite ja välisõhu valdkonnas ning tegemist EI OLE farmiga ja lisaks soovitakse hakata kasutama ka põhjavett. Sellisel juhul peab kompleksloa muutmiseks tasuma riigilõivu  (4930 + 4930) x 0,5 + 4930 = 9860 €. Kui tegemist ON farmiga, tuleb tasuda sama näite puhul riigilõivu [(4930 + 4930) x 0,5 + 4930] x 0,5 = 4930 €, sest rakendub farmide koefitsient (vt § 124 lg 2).

§ 124 lg 5: Kui kompleksloa andmise või muutmise taotlus hõlmab vähemalt kolme käesoleva paragrahvi lõikes 1 nimetatud valdkonda, tasutakse riigilõivu 80 protsenti lõikes 1 nimetatud valdkondade riigilõivumäärade summast, arvestades lõigetes 3 ja 4 sätestatut. Näiteks kui taotletakse vähemalt kolme valdkonnaga (nt THS + vesi + jäätmed):

• uut kompleksluba ja tegemist EI OLE farmiga, tuleb tasuda riigilõivu (4930 + 4930 + 4930) x 0,8 = 11832 €;
• uut farmi kompleksluba, tuleb tasuda riigilõivu (4930 + 4930 + 4930) x 0,8 x 0,5 = 5916 €;
• kompleksloa muutmist ja tegemist EI OLE farmiga, tuleb tasuda riigilõivu (4930 + 4930 + 4930) x 0,5 x 0,8 = 5916 €;
• farmi kompleksloa muutmist, tuleb tasuda riigilõivu (4930 + 4930 + 4930) x 0,5 x 0,8 x 0,5= 2958 €;
• kompleksloa muutmist ja ühe uue valdkonna lisamist ja tegemist EI OLE farmiga, tuleb tasuda riigilõivu [(4930 + 4930 + 4930) x 0,5 + 4930] x 0,8 = 9860 €. Juhul kui tegemist on farmiga, tuleb saadud väärtus veel kord korrutada läbi 0,5-ga, s.o [(4930 + 4930 + 4930) x 0,5 + 4930] x 0,8 x 0,5.